O histórii školy sa dozvedáme z kroniky, ktorú začal písať 3. augusta 1950 pán František Svoboda. Vyučovanie sa začalo v školskom roku 1950/1951. Bolo zapísaných 16 žiakov, ktorí boli rozdelení do troch stupňov: prípravný, nižší a stredný. Vyučovalo sa individuálne podľa osnov pre tento typ školy.
Od 1. septembra 1961 prevzala správu školy pani Anna Vargová. V tom čase prišlo k veľkým zmenám na škole. Doplnilo sa veľa učebných pomôcok, školská a žiacka knižnica, vybudovala sa nová školská záhrada, dielňa a kabinet. Začal sa zvyšovať i počet žiakov. Pretože pôvodná budova školy bola v rámci novej výstavby v meste asanovaná, nastalo mnohé sťahovanie. V školskom roku 1963/1964 dva krát, v budúcom školskom roku sa škola nasťahovala provizórne do bytovky na Budovataeľskej ulici. 25. novembra 1964 mesto zakúpilo vilku na Mostovej ulici, kde sa začalo i vyučovanie. Pretože 17. júna 1965 zaplavil Dunaj mnohé okolité dediny, škola bola poskytnutá na núdzové ubytovanie pre 75 ľudí.
28. marca 1968 bola pri príležitosti Dňa učiteľov ocenená riaditeľka školy Anna Vargová - krajským vyznamenaním za obetavú prácu s postihnutnou mládežou.
V máji bola odovzdaná nová budova školy na Ulici Krátka, kde sídli škola dodnes a prvý stupeň na Ulici Sovietskej armády.
5. septembra 1983 prevzala vedenie školy pani Irena Fűlleová. V tom čase bolo na škole zapísaných 57 žiakov, ktorí boli zaradení v 4 triedach a niektorí navštevovali oddelenie školskej družiny.
V roku 1986 oslávila škola 35. výročie svojho vzniku metodickým dňom a slávnostným posedením pedagógov školy. Do roku 1990 mala škola 8 tried, 1 oddelenie školskej družiny 87 žiakov.
V roku 1991 prevzal funciu riaditeľa Mgr. Gustáv Gűl.
27. 8. 1993 sa kolektív Osobitnej školy v Šali navždy rozlúčil s bývalou riaditeľkou Annou Vargovou, ktorá zomrela po ťažkej chorobe.
V školskom roku 1994/95 dosiahla škola rekordný počet žiakov v počte 106, ktorí sa vzdelávali v 11-tich triedach, na škole pôsobilo 15 špeciálnych pedagógov a 1 oddelenie školskej družiny a vychovávateľka. Vyučovanie prebiehalo v dvoch budovách: na Krátkej a Družstevnej ulici.
1. septembra 2000 sa zmenil názov školy na: "Špeciálna základná škola" a riaditeľkou sa stala
Mgr. Magdaléna Bajlová. V školskom roku 2009/2010 škola zmenila názov na:"Spojená škola", nakoľko sa otvorili dve triedy Praktickej školy. Tá poskytovala bývalým i novým žiakom nižšie stredné odborné vzdelanie. Praktická škola bola v školskom roku 2018/2019 zrušená a škola znovu zmenila názov na:" Špeciálna základná škola-Speciális Alapiskola".
30. júna 2020 odišla do dôchodku dlhoročná riaditeľka školy Mgr. Magdaléna Bajlová. Vedenie školy v jej jubilejnom roku / 70. výročie založenia školy,1950-2020/, prevzala Mgr. Jozefína Tóthová.
